Voici un programme de visualisation de molécules en 3D que j'ai réalisé avec Visual C++; pour l'utiliser vous devez disposer d'un ordinateur PC avec Windows 95 ou Windows NT, avec les librairies OpenGL.
Pour me contacter sphinx05@infonie.fr
La version 1.50 qui contient les ameliorations deja apportées est maintenant disponible MV150.zip. Les menus sont en anglais.
Ce programme est encore au stade du développement, et il comporte encore un très grand nombre de bugs (n'hésitez à m'informer des bugs que vous trouverez a l'adresse suivante sphinx05@infonie.fr ); le risque de plantage n'est pas nul, pour l'instant le programme "rame" beaucoup pour charger les grosses molécules type protéines (alors que c'est sa vocation) il est conseillé de disposer d'une configuration puissante dotée d'une carte accélératrice 3D. Pour avoir une meilleure fluidité il est conseillé de désactiver l'anti-aliasing (qui permet d'avoir un meilleur rendu des contours) et d'utiliser le mode de représentation fil de fer. Parmis les bugs que je n'ai pas encore résolu il y a des problèmes d'échelle et d'éclairage, ainsi qu'un problème dans la détection de certaines liaisons chimiques, qui n'apparaissent pas en mode fil de fer.
L'aide n'est pas encore disponible, elle est en cours de conception.
Le programme utilise dans sa version actuelle les coordonnées atomiques que l'on trouve dans les fichiers de type PDB (Protein Data Bank) que vous pouvez télécharger à partir du Brookhaven National Laboratory ou pour de plus petites molécules à partir de Molecules from Chemistry Okanagan University College, il peut également lire les fichiers XYZ detinés au programme XMol (l'ouverture des fichiers est beaucoup plus rapide mais certaines fonctionnalités ne sont pas disponibles).
Les rotations des molécules se font au moyen d'un joystick ( je n'ai testé que le Sidewinder 3D Pro de Microsoft ), d'une souris ou du clavier (avec haut, bas, gauche et droite). L'avantage du joystick est que son utilisation est plus intuitive, de plus le programme tire partie des fonctionnalités des joysticks 3D, on peut en effet utiliser les trois axes de rotation.
De nombreux bugs ont étés supprimés, l'application est plus stable, il n'y a plus le bug d'éclairage.
Une nouvelle fonctionnalité a été rajoutée, a savoir la possibilité d'exporter les modèles moléculaires au format VRML pour pouvoir être visualisés à l'aide d'un explorateur Internet. Le programme génère en plus automatiquement un petit fichier HTML contenant le modèle VRML auquel on peut ajouter un titre et un commentaire.
Pour installer la nouvelle version il faut copier dans le répertoire où se trouve l'éxécutable le fichier header.src; il faut également le contrôle Active X Richtx32.ocx que vous devez copier dans le répertoire system de votre ordinateur si vous ne l'avez pas déja; ce contrôle est utilisé par le programme et servira pour des évolutions ultérieures.
Cette version possède enfin un programme de Setup pour faciliter l'installation et la désinstallation, pour désinstaller il suffit maintenant d'aller dans le panneau de configuration, à Ajout/Suppression de programmes et de sélectionner Molecule Viewer dans la liste puis cliquer sur le bouton Ajouter/Supprimer le programme de désinstallation se charge d'effacer les entrées dans la base de registres.
La chasse aux bugs a été très fructueuse, l'application
est devenue beaucoup plus stable ( il reste néanmoins quelques petits
problèmes lors d'ouverture de fichiers); l'exportation vers le VRML
est étendue a tous les types de représentations, l'édition
du commentaire HTML est améliorée plus besoin d'utiliser
la balise
pour les sauts de ligne l'application s'en charge, les
caractères spéciaux de la langue française (éèçàëêù...)
sont pris en compte. Le bug d'échelle semble réglé.
Pour ce qui est des nouvelles fonctionnalités, elles concernent les peptides et les protéines; on peut maintenant colorer la molécule en fonction des acides aminés ou pour les protéines en fonction des chaînes qui les constituent. De plus il est possible d'afficher ou non les hétéroatomes (eau, ions, solvant ...).
Enfin il est possible d'afficher une boîte en fil de fer qui encadre la molécule et qui peut servir pour se repérer lorsqu'on la fait tourner dans l'espace.
Pour finir, il y a une aide hypertexte (lorsqu'on a choisi le mode d'installation custom) au format HTML, mais il faut un navigateur avec un plug-in VRML pour profiter de toute les illustrations (je conseille Cosmo Player 2.1 ou MS VRML 2.0). Cette aide se trouve normalement dans le sous répertoire Help du répertoire dans lequel a été installée l'application.
Pas de changements fondamentaux, seulement l'application est encore un peu plus stable, car des petits bugs à l'ouverture des fichiers ont étés corrigés; le code VRML généré à l'export est également corrigé car il y avait des erreurs pour la représentation "Backbone".
La modification la plus visible pour l'utilisateur est sans doute l'ajout des filtres d'ouverture des fichiers *.alc de Alchemy et *.mol destinés initialement au plug-in Chime de chez MDL.
Toutefois les données concernant les liaisons chimiques contenues dans ces fichiers ne sont pas prises en compte pour le momment, c'est donc l'algorithme interne du programme qui les détermine tout comme pour les fichiers *.pdb et *.xyz; j'espère pouvoir bientôt améliorer cet algorithme pour déterminer les liaisons doubles et triples (ceci dit la détection des liaisons multiples et par conséquent de l'état d'hybridation des atomes ne peut se faire que si la résolution est suffisante pour que les atomes d'hydrogène soient référencés dans la liste des coordonnées atomiques, sinon il faut utiliser les données internes du fichier sur les liaisons si elles éxistent).
Enfin pour l'aide, quelques fautes d'orthographe ont été corrigées, j'espère qu'il n'y en a plus et quelques rubriques ont été enrichies.
La version 1.3 comporte des fonctionalités Web, entre autres
un accès a l'aide en ligne HTML direct, ainsi qu'un accès
direct a la page Web de la Protein
Data Bank pour télécharger les fichiers de coordonnées
atomiques. Notez qu' Internet Explorer 3.0 ou une version ultérieure
doit être installé sur votre ordinateur pour bénéficier
des fonctionalités web. Il reste des bugs, j'ai découvert
récemment que le programme ne fonctionnait pas correctement en réseau
(test sur station NT avec serveur Linux), sans doute a cause d'un problème
de configuration de la base de registres.
La version 1.31 dispose d'un nouveau mode de coloration, qui ne concerne
que les protéines issues de certains fichiers PDB; ce mode de coloration
permet de visualiser les structures secondaires, les hélices a
sont en rose, les feuillets b sont en jaune
et les boucles en bleu (pour que ces couleurs apparaissent il faut que
le fichier PDB comporte les données structurales adéquates).
Enfin la taille du code éxécutable a été diminuée
(nettoyage du code et des resources inutiles), l'accès au fichiers
est légèrement amélioré surtout pour les grosses
protéines qui sont longues a charger.
remarque: la Protein Data Bank a migré, elle n'est plus hébergée par le Brookhaven National Laboratory, mais par le RCSB à l'adresse suivante: http://www.rcsb.org/pdb
Version 1.1 : MolecViewer.zip
(258 Ko) pour décompresser ce fichier, utilisez un programme
tel que WinZip.
Version 1.2 : MolView1_2.zip
(721 Ko)
Version 1.21: MV121.zip
(728 Ko)
Version 1.3: MV13.zip
Version 1.31: MV131.zip
Mis a jour vers
Version 1.50: MV150.zip
Pour la version 1.50, il faut installer une version precedente avec l'installeur, puis decompresser MV150.zip dans le repertoire Molecule Viewer