Le but de ce logiciel est de visualiser en trois dimensions (3D) des molécules et de pouvoir les faire pivoter sur des axes de rotation. Ceci permet d'obtenir de précieuses informations sur la structure des molécules, notament leur conformation dans l'espace qui est essentielle dans toute activité biologique; la structure d'un ligand est intimement liée à celle de son récepteur dans le modèle de Fisher connu sous le nom de "clé - serrure".
Les modèles moléculaires sont quand à eux obtenus à partir de fichiers de coordonnées atomiques, disponibles sur Internet et qui ont été déposés dans des bases de données moléculaires par leurs auteurs (le plus souvent ce sont des laboratoires de cristallographie); ces fichiers sont obtenus à partir de spectre de diffraction de rayons X ou de neutrons et de spectres de résonnance magnétique nucléaire qui après des traitements complexes permettent d'obtenir les coordonnées relatives des atomes d'une molécule.
La montée de la puissance des ordinateurs de bureau de type PC, permet maintenant d'utiliser des application qui il y a quelques années encore ne pouvaient se faire que sur de coûteuses stations graphiques. Plutôt que d'adapter au monde des PC une application destinée à l'origine a de gros systèmes, cette application a été entièrement conçue pour fonctionner sur des PC haut de gamme tout en ayant un rendu de très bonne qualité grâce à la technologie OpenGL.