Le VRML (Virtual Reality Modeling Language) est un langage de description permettant de représenter des mondes virtuels 3D sur des pages Web.
Le programme Molecule Viewer permet d'exporter les représentations moléculaires en VRML 2.0 pour pouvoir ensuite les insérer dans des pages Web, la seule condition pour pouvoir visualiser une représentation VRML est que vous ayez en plus de votre explorateur Internet un plug-in VRML les plus populaires sont Cosmo Player 2.0 que l'on rencontre le plus souvent avec Netscape Navigator mais qui est également disponible pour Internet Explorer 4.0, l'autre plug-in est MS VRML 2.0 que l'on trouve sur Windows 98 (installation optionnelle).
Les plug-in VRML ont l'avantage de faire des représentations très fluide avec une qualité d'image relativement bonne ce qui compense dans les pages Web les temps de chargement relativement longs de plus certains tirent partie des cartes 3D.