Ce sont des fichiers destinés à l'origine au programme XMol, ils ne contiennent pas beaucoup de renseignements si ce n'est les coordonnées atomiques ou le nom de la molécule, ce qui explique que le programme ne puisse pas faire autant de choses qu'a partir des fichiers PDB.
Ce sont des fichiers issus de la "Protein Data Bank", qui est une archive de structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques destinée aux chercheurs, aux enseignants et aux étudiants. Ces fichiers renferment un très grand nombre d'informations sur les protéines, non seulement les coordonnées atomiques de la protéine mais aussi dans un certain nombre de cas sur les atomes, petites molécules organiques, eau et ions qui constituent l'environnement de la protéine regroupés sous l'appellation d'hétéroatomes. En outre on peut retouver dans les fichiers PDB les séquences d'acides aminés constituant la protéine, des informations sur les structures secondaires (feuillets, hélices, boucles ...), ainsi que des données bibliographiques (références des publications), le nom des auteurs qui ont déterminé la structure, la date d'établissement de la structure et bien d'autre choses encore.
Le programme Molecule Viewer est loin de tirer partie de toutes les informations contenues dans de tels fichiers, mais cela laisse la perspective de nombreuses améliorations.
Il faut tout de même noter que le programme essaie de se conformer le plus possible a la version 2.0 du format de fichiers PDB ce qui signifie que pour des fichiers antérieurs au 21 Février 1996 il risque d'y avoir des erreurs; en dépit de nombreux efforts et au prix de certaines lenteurs il est possible d'ouvrir des fichiers antérieurs a cette date mais il n'est pas garanti que le programme ne se bloque pas (en raison d'incohérences dans le format de fichier précédent). Le format PDB est parfois utilisé en chimie pour stocker les coordonnées de molécules organiques qui ne sont ni des protéines, ni des acides nucléiques, ni des sucres outre l'absence de données supplémentaires, ces fichiers n'étant pas fournis par la banque de données PDB, la conformité a la version 2.0 n'est pas garantie.
Le programme peut également ouvrir les fichiers MOL destinés au programme Chime de MDL et les fichiers ALC de Alchemy.