CPK signifie Corey, Pauling et Kultun, qui sont les chimistes qui ont établit ce code de couleur conventionnel; ce code de couleurs est courament utilisé en chimie et en biochimie pour identifier les éléments chimiques dans les modèles.moléculaires qu'ils soient réels ou virtuels.
Voici une liste des principaux éléments et leur code de couleur:
Elément chimique |
Symbole |
Couleur CPK |
| Carbone | C | Gris clair |
| Hydrogène | H | Blanc |
| Oxygène | O | Rouge |
| Azote | N | Bleu clair |
| Soufre | S | Jaune |
| Phosphore | P | Orange |
| Potassium | K | Rose profond |
| Sodium | Na | Bleu |
| Bore | B | Vert |
| Fer | Fe | Orange |
| Magnésium | Mg | Vert moyen |
| Zinc | Zn | Marron |
| Chlore | Cl | Vert |
| Brome | Br | Marron |
| Iode | I | Pourpre |
| Calcium | Ca | Gris foncé |
| Hélium | He | Rose |
| Fluor | F | Or |
| Silicium | Si | Or |
| Or | Au | Or |
| Baryum | Ba | Orange |
| Titane | Ti | Gris foncé |
| Chrome | Cr | Gris foncé |
| Manganèse | Mn | Gris foncé |
| Argent | Ag | Gris foncé |
| Nickel | Ni | Marron |
| Cuivre | Cu | Marron |
| Aluminium | Al | Vert |
| Lithium | Li | Rouge brique |
| Autres éléments | * | Rose profond |
L'objectif initial de ce programme est de représenter des peptides et des protéines, qui sont des molécules complexes mais constituées d'un enchaînement de molécules plus petites qui sont au nombre de 20 (si l'on ne compte pas les acides aminés modifiés tels que le gamma carboxy glutamate, l'hydroxyproline, l'hydroxylysine ....). Chacun de ces acides aminés a des propriétés qui vont influer localement sur la charge électrique, l'acidité ou l'hydrophobicité de la protéine et par conséquent sur son repliement dans l'espace (structures secondaires et tertiaires). Les acides aminés qui constituent une protéine et plus particulière la séquence selon laquelle ils s'enchaînent ont un rôle majeur dans l'activité biologique des protéines.
C'est pourquoi il est utile de localiser les positions relatives des acides aminés d'une protéine dans l'espace, pour cela le programme utilise un code de couleur qui regroupe en fait les acides aminés par leur propriétés et qui est le suivant :
Acide Aminé |
Couleur |
| Glycine | Gris clair |
| Alanine | Gris foncé |
| Valine | Vert |
| Leucine | Vert |
| Isoleucine | Vert |
| Serine | Orange |
| Thréonine | Orange |
| Cystéine | Jaune |
| Méthionine | Jaune |
| Histidine | Bleu pale |
| Proline | Chair |
| Arginine | Bleu |
| Lysine | Bleu |
| Acide aspartique | Rouge vif |
| Acide glutamique | Rouge vif |
| Asparagine | Cyan |
| Glutamine | Cyan |
| Phénylalanine | Bleu moyen |
| Tyrosine | Bleu moyen |
| Tryptophane | Rose |
Il est parfois utile de distinguer dans des grosses protéines qui comportent soit des domaines soit des sous unités lorsque la protéine a une structure quaternaire. Cette fonctionnalité n'est possible que lorsque l'information est contenue dans le fichier PDB sinon la molécule devient monochrome.