La molécule est représentée par les liaisons entre les atomes qui la composent.
Il s'agit de la représentation classique ou les atomes sont représentés par une petite boule et les liaisons chimiques par un trait.
Chaque atome est représenté par une sphère dont le rayon est proportionnel a son rayon covalent (le rayon covalent correspond à la moitié de la distance entre deux atomes identiques liés par une liaison covalente sigma), lorsque les sphères sont tangentes ou se chevauchent, cela signifie qu'il y a une liaison chimique entre ces deux atomes.
Comme dans le mode covalent, les atomes sont représentés par une sphère, qui cette fois ci est proportionnelle au rayon de Van der Waals de l'atome, ce qui correspond a la surface du nuage électronique de l'atome; c'est la sphère d'action des interactions faibles entre atomes (Van der Waals, London, Denye et Keesom).
Le mode squelette n'est utilisé qu'en biochimie, il représente le squelette carboné d'une protéine ou d'un peptide, c'est en fait un graphe qui passe par les carbones alpha de chacun des acides aminés de la molécule; cette représentation permet de visualiser les structures secondaires des protéines (hélices alpha, feuillets bêta et coudes bêta).
Il éxiste bien d'autres méthodes de représentations, qui ne sont pas utilisées dans ce logiciel, telles que :
-La surface de Conolly qui correspond à la surface réelle de contact entre la molécule et le solvant.
-La surface accessible au solvant qui correspond si l'on considère le solvant comme une sphère au rayon de Van der Waals de la molécule plus le rayon du solvant.
-La surface d'isodensité électronique, définie par l'ensemble des points ayant la même densité électronique.
-Le mode dessin qui est une variante du mode squelette, dans ce mode les structures secondaires de la protéine sont soulignées par des formes conventionnelles, a savoir des flèches orientée de NH vers CO pour les feuillets bêta (permet de visualiser les orientations parallèles ou anti-parallèles) et des hélices pour les hélices alpha, ce mode de représentation n'est pas une image de la réalité.