Utilisation

Les menus:

le menu Fichier:

• Ouvrir... : Ouvrir des fichiers PDB ou XYZ de coordonnées atomiques
• Quitter : Quitter l'application

le menu Options :

• Eclairage :
  • Position... : Permet au moyen d'une boîte de dialogue de position la source de l'éclairage.
  • Couleur.. : Permet de changer la couleur de l'éclairage en changeant les composantes rouges, vertes et bleues.
• Joystick :
  • Actif : Active ou inactive le joystick, lorsqu'il est actif, une coche apparaît.
  • Vitesse... : Fait apparaître une boîte de dialogue permettant de contrôler la vitesse des rotations.
• Antialising : Active ou inactive le lissage de contours, coché lorsque actif.
• Brouillard : Active ou inactive l'effet brouillard, coché lorsque actif.
• Animation : Démarre l'animation
• Boîte : Dessine un parallèlépipède en mode fil de fer autour de la molécule, coché lorsque actif.

le menu Représentation :

• Sphères :
  • Van der Waals : Représente les atomes par des sphères dont le rayon est proportionnel a leur rayon de Van der Waals.
  • Covalent : Représente les atomes par des sphères dont le rayon est proportionnel a leur rayon covalent.
• Squelette : Représente la molécule par sont squelette carboné (chaînes de carbones alpha) cette option ne fonctionne que pour les protéines
• Fil de fer : Représente les molécules par les liaisons covalentes
• Axes et sphères : Représente les molécules par les liaisons covalentes, chaque atome est représenté par une petite sphère.
• Hétéroatomes : Affiche les hétéroatomes (ions, petites molécules, solvants ... )

le menu Couleur :

• CPK : Utilise le code de couleurs CPK.
• Résidus : Colore la molécule en fonction des résidus ( uniquement pour les acides aminés, peptides et protéines).
• Chaîne : Colore la molécule en fonction des chaînes (uniquement pour les protéines).

le menu Exporter :

• VRML : Crée un fichier VRML et HTML pour insérer la représentation en 3D sur une page Web

le menu Affichage :

• Barre d'outils : Affiche la barre d'outils.
• Barre d'états : Affiche la barre d'état.

le menu ? :

• Infos molécule... : Affiche des informations sur la molécule (Nom, nombre d'atomes, nombre de liaisons, nombre de chaînes).
• Code CPK : Affiche une table du code de couleurs CPK
• Internet :
  • Aide en ligne : Permet d'accéder directement à cette aide, si elle n'est pas installée sur le disque il faut une connexion Internet.
  • Rechercher un fichier PDB : Permet d'accéder directement au formulaire de recherche des fichiers PDB (connexion Internet obligatoire)
  • Mise a jour : Accès direct à la page de téléchargement de Molecule Viewer (connexion Internet obligatoire)
  • Page personnelle de l'auteur : Accès direct à ma page personnelle (connexion Internet obligatoire)
• A propos de Molecule Viewer : Affiche des informations sur la version du programme

La barre d'outils

Racourci pour l'ouverture de fichiers

Racourci pour la représentation Van der Waals

Racourci pour la représentation Covalent

Racourci pour la représentation Boules - Bâtons

Racourci pour la représentation Fil de fer

Racourci pour la représentation Squelette

Racourci pour lancer l'animation de la molécule

Racourci pour lancer la génération d'un fichier VRML 2.0

Racourci pour afficher la boîte de dialogue d'information sur la version

Racourci pour accéder directement a la page Web du moteur de recherche de la base de données PDB

Racourci pour accéder à cette aide en ligne

La souris

Pour effectuer des rotations il suffit de faire glisser la souris (déplacer le curseur) avec le bouton gauche, horizontalement pour l'axe des y, verticalement pour l'axe des x; si vous avez une souris à trois boutons correctement configurée, vous pouvez effectuer des rotations sur l'axe des z en faisant glisser horizontalement le curseur avec le bouton du milieu.

Le bouton droit fait apparaître une boîte de dialogue affichant le code de couleurs CPK

Le clavier

En dehors de l'utilisation normale du clavier on peut utiliser les touches haut et bas pour faire des rotations autour de l'axe des x et gauche et droite autour de l'axe des y.

Le joystick

Lorsque l'option Joystick est activée il est possible de faire tourner la molécule au moyen du joystick; si vous avez un joystick à trois axes de rotations vous pourrez profiter de toutes les possibilités de rotation. Aucun bouton n'est utilisé.

Informations sur les réglages

Les réglages possibles concernent l'éclairage et ne sont pas pris en compte dans l'export VRML.

Le réglage de la position de la source lumineuse: la source lumineuse est considérée comme ponctuelle et toujours située à la même distance du centre de la molécule il est possible de régler sa position sur une sphère qui englobe la molécule en utilisant les curseurs de la boîtes de dialogue pour faire varier x,y et z.

Le réglage de la couleur de la source d'éclairage, la lumière est décomposée en trois composantes rouge, vert, bleu chaque composante est codée par un nombre réel entre 0 et 1. lorsque les composantes sont à 1 on a de la lumière blanche et lorsque les trois sont à 0 l'éclairage est éteint; en faisant varier les trois composantes en même temp on varie le contraste.

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